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低聚果糖主要有兩大類生產(chǎn)工藝，一種是以蔗糖為原料，利用微生物發(fā)酵生產(chǎn)的β-果糖基轉移酶或β-呋喃果糖苷酶轉化而成；另一種是以菊粉為原料，采用酶水解生成。中國、日本和韓國等國家的主流生產(chǎn)方法是第一種方法，以蔗糖為原料，利用黑曲霉、鐮刀霉、日本曲霉等菌種分泌的β-呋喃果糖苷酶和盧-果糖基轉移酶進行酶反應，依次經(jīng)過濾、凈化、精制和濃縮而得到成品。工業(yè)生產(chǎn)上一般采用黑曲霉等產(chǎn)生的果糖轉移酶作用于高濃度（50%-60%）的蔗糖溶液，經(jīng)過一系列的酶轉移作用而獲得低聚果糖產(chǎn)品。低聚果糖的生產(chǎn)工藝，已從代的液態(tài)發(fā)酵技術、第二代的固定化細胞催化技術，發(fā)展到第三代固定化酶催化生產(chǎn)技術。

（一）酶水解法

以菊芋為原料生產(chǎn)工藝流程：

菊芋→菊粉→水解→過濾→脫色→脫鹽→濃縮→低聚果糖

此法生成的低聚果糖鏈較長。